Neo4j напрямую связывает узлы, поэтому нет глобальной концепции данных, все локально. Я думаю, вам нужно будет затронуть, по крайней мере, все отношения, чтобы построить эту матрицу, а затем обновлять ее, возможно, подключая события транзакций для операций с мутированием, см. Документацию и Java API