Hadoop является платформой MapReduce (не MapReduceMerge!), И это вряд ли изменится. Тем не менее, вы можете подать Jira или попросить на http://getsatisfaction.com/cloudera/, чтобы получить официальный стенд по этому вопросу.
Если вам нужны объединения, попробуйте Pig (единственный, с которым у меня есть практический опыт, но есть и другие - Hive, ...). Свинья делает соединения довольно простыми.