Я бы сказал, что NSDocument - немного странный выбор для браузера. Архитектура документов Какао действительно разработана для приложений редакторского типа, которые загружают и сохраняют файлы с диска, тогда как в браузере нет реальной концепции «документа».
Почему бы просто не реализовать основной контроллер, который управляет несколькими оконными контроллерами? Что дает вам архитектура документа, которая, по вашему мнению, нужна вашему приложению?