Если вы использовали терминал, то вы должны сказать Eclipse, что проект является проектом Git и должен управляться EGit. Вы можете сделать это, щелкнув правой кнопкой мыши по проекту, затем выберите Team -> Share Project, выберите Git и в следующем диалоговом окне установите флажок «использовать или создать репозиторий в родительской папке проекта». Затем в столбце «Репозиторий» он должен показать вам путь типа «../.git». Теперь закончите, и все готово.