Начиная с Eclipse 4.2, он встроен, и предупреждения могут быть отключены для отдельных папок.
Для более старых версий: я использовал Maven для добавления примечаний к предупреждениям ingore в каждый файл, но это было довольно уродливо и требовало ручного обновления, чтобы быть видимым в Eclipse.