Тест производительности SQLite - почему: память: такая медленная ... всего в 1,5 раза быстрее диска? - PullRequest
46 голосов
/ 19 апреля 2009

Почему: memory: в sqlite так медленно?

Я пытался выяснить, есть ли какие-либо улучшения производительности, полученные с использованием sqlite в памяти по сравнению с sqlite на основе диска. По сути, я хотел бы обменять время запуска и память, чтобы получать чрезвычайно быстрые запросы, которые не обращаются к диску во время работы приложения.

Тем не менее, следующий тест дает мне в 1,5 раза больше скорости. Здесь я генерирую 1M строк случайных данных и загружаю их в одну и ту же таблицу на основе диска и памяти. Затем я запускаю случайные запросы на обоих БД, возвращая наборы размером около 300 КБ. Я ожидал, что основанная на памяти версия будет значительно быстрее, но, как уже упоминалось, я получаю только 1,5-кратное ускорение.

Я экспериментировал с несколькими другими размерами БД и наборов запросов; преимущество: memory: делает , кажется, увеличивается с увеличением числа строк в БД. Я не уверен, почему преимущество так мало, хотя у меня было несколько гипотез:

  • используемая таблица недостаточно велика (в строках): memory: огромный победитель
  • больше объединений / таблиц сделало бы: memory: преимущество более очевидным
  • на уровне соединения или ОС происходит какое-то кэширование, так что предыдущие результаты каким-то образом доступны, что повредит тесту
  • происходит какой-то скрытый доступ к диску, которого я не вижу (я еще не пробовал lsof, но я отключил PRAGMA для ведения журнала)

Я что-то здесь не так делаю? Любые мысли о том, почему: память: не производит почти мгновенные поиски? Вот эталон:

==> sqlite_memory_vs_disk_benchmark.py <==

#!/usr/bin/env python
"""Attempt to see whether :memory: offers significant performance benefits.

"""
import os
import time
import sqlite3
import numpy as np

def load_mat(conn,mat):
    c = conn.cursor()

    #Try to avoid hitting disk, trading safety for speed.
    #http://stackoverflow.com/questions/304393
    c.execute('PRAGMA temp_store=MEMORY;')
    c.execute('PRAGMA journal_mode=MEMORY;')

    # Make a demo table
    c.execute('create table if not exists demo (id1 int, id2 int, val real);')
    c.execute('create index id1_index on demo (id1);')
    c.execute('create index id2_index on demo (id2);')
    for row in mat:
        c.execute('insert into demo values(?,?,?);', (row[0],row[1],row[2]))
    conn.commit()

def querytime(conn,query):
    start = time.time()
    foo = conn.execute(query).fetchall()
    diff = time.time() - start
    return diff

#1) Build some fake data with 3 columns: int, int, float
nn   = 1000000 #numrows
cmax = 700    #num uniques in 1st col
gmax = 5000   #num uniques in 2nd col

mat = np.zeros((nn,3),dtype='object')
mat[:,0] = np.random.randint(0,cmax,nn)
mat[:,1] = np.random.randint(0,gmax,nn)
mat[:,2] = np.random.uniform(0,1,nn)

#2) Load it into both dbs & build indices
try: os.unlink('foo.sqlite')
except OSError: pass

conn_mem = sqlite3.connect(":memory:")
conn_disk = sqlite3.connect('foo.sqlite')
load_mat(conn_mem,mat)
load_mat(conn_disk,mat)
del mat

#3) Execute a series of random queries and see how long it takes each of these
numqs = 10
numqrows = 300000 #max number of ids of each kind
results = np.zeros((numqs,3))
for qq in range(numqs):
    qsize = np.random.randint(1,numqrows,1)
    id1a = np.sort(np.random.permutation(np.arange(cmax))[0:qsize]) #ensure uniqueness of ids queried
    id2a = np.sort(np.random.permutation(np.arange(gmax))[0:qsize])
    id1s = ','.join([str(xx) for xx in id1a])
    id2s = ','.join([str(xx) for xx in id2a])
    query = 'select * from demo where id1 in (%s) AND id2 in (%s);' % (id1s,id2s)

    results[qq,0] = round(querytime(conn_disk,query),4)
    results[qq,1] = round(querytime(conn_mem,query),4)
    results[qq,2] = int(qsize)

#4) Now look at the results
print "  disk | memory | qsize"
print "-----------------------"
for row in results:
    print "%.4f | %.4f | %d" % (row[0],row[1],row[2])

Вот результаты. Обратите внимание, что диск занимает в 1,5 раза больше памяти, чем достаточно широкий диапазон запросов.

[ramanujan:~]$python -OO sqlite_memory_vs_disk_clean.py
  disk | memory | qsize
-----------------------
9.0332 | 6.8100 | 12630
9.0905 | 6.6953 | 5894
9.0078 | 6.8384 | 17798
9.1179 | 6.7673 | 60850
9.0629 | 6.8355 | 94854
8.9688 | 6.8093 | 17940
9.0785 | 6.6993 | 58003
9.0309 | 6.8257 | 85663
9.1423 | 6.7411 | 66047
9.1814 | 6.9794 | 11345

Разве ОЗУ не должно быть почти мгновенным относительно диска? Что здесь не так?

Редактировать

Несколько хороших предложений здесь.

Полагаю, что основной момент для меня заключается в том, что **, вероятно, нет способа сделать: memory: абсолютно быстрее , но есть способ сделать доступ к диску относительно медленным. **

Другими словами, эталонный тест адекватно измеряет реальную производительность памяти, но не реальную производительность диска (например, потому что прагма cache_size слишком велика или потому что я не делаю записи). Я поэкспериментирую с этими параметрами и опубликую свои выводы, когда у меня будет шанс.

Тем не менее, если есть кто-то, кто думает, что я могу выжать еще немного скорости из БД в памяти (кроме как путем подкачки cache_size и default_cache_size, что я и сделаю), я все уши ...

Ответы [ 8 ]

39 голосов
/ 19 апреля 2009

Это связано с тем, что SQLite имеет кеш страниц. Согласно документации , кэш страниц по умолчанию составляет 2000 страниц по 1 КБ или около 2 МБ. Поскольку это около 75-90% ваших данных, неудивительно, что эти два числа очень похожи. Я предполагаю, что в дополнение к кешу страниц SQLite, остальные данные все еще находятся в кеше диска ОС. Если у вас есть SQLite для очистки кэша страниц (и дискового кэша), вы увидите некоторые действительно существенные различия.

20 голосов
/ 29 июня 2009

Мой вопрос к вам: что вы пытаетесь оценить?

Как уже упоминалось, SQLite: memory: DB - это то же самое, что и дисковая, т.е. постраничная, и единственное отличие состоит в том, что страницы никогда не записываются на диск. Таким образом, единственное различие между ними заключается в записи на диск: в память: не требуется (также не требуется выполнять чтение с диска, когда страница диска должна была быть выгружена из кэша).

Но чтение / запись из кэша может представлять только часть времени обработки запроса, в зависимости от запроса. В вашем запросе есть предложение where с двумя большими наборами идентификаторов, членами которого должны быть выбранные строки, что дорого.

Как Кэри Миллсап демонстрирует в своем блоге об оптимизации Oracle (вот репрезентативный пост: http://carymillsap.blogspot.com/2009/06/profiling-with-my-boy.html),, вам необходимо понять, какие части обработки запроса занимают время. Предполагая, что тесты набора участников составляют 90% времени запроса и дисковый ввод-вывод 10%, то есть: memory: экономит только эти 10%. Это крайний пример, который вряд ли будет репрезентативным, но я надеюсь, что он показывает, что ваш конкретный запрос отклоняет результаты. Используйте более простой запрос, и IO части обработки запросов увеличатся, и, следовательно, выгода: memory:.

В заключение отметим, что мы экспериментировали с виртуальными таблицами SQLite, где вы отвечаете за реальное хранилище, и, используя контейнеры C ++, которые типизированы в отличие от способа хранения значений ячеек в SQLite, мы могли заметить значительное улучшение по истечении времени обработки: memory:, но это немного по теме;) --DD

PS: мне не хватает кармы, чтобы комментировать самый популярный пост этой темы, поэтому я комментирую здесь :), чтобы сказать, что недавняя версия SQLite не использует 1 КБ страницы по умолчанию в Windows: http://www.sqlite.org/changes.html#version_3_6_12

7 голосов
/ 19 апреля 2009

Вы делаете SELECT, вы используете кэш памяти. Попробуйте чередовать SELECT с ОБНОВЛЕНИЯМИ.

6 голосов
/ 26 апреля 2009

База данных памяти в SQLite - это кеш страниц, который никогда не касается диска. Так что вы должны забыть об использовании памяти db в SQLite для настройки производительности

Можно отключить журнал, отключить режим синхронизации, установить большой кэш страниц, и вы будете иметь почти одинаковую производительность в большинстве операций, но долговечность будет потеряна.

Из вашего кода совершенно ясно, что вы ДОЛЖНЫ ПОЛЬЗОВАТЬСЯ командой и параметрами ТОЛЬКО BIND, потому что это отнимает более чем на 90% производительности вашего теста.

5 голосов
/ 02 мая 2012

Спасибо за код. Я проверил 2 x XEON 2690 с 192 ГБ ОЗУ и 4 жесткими дисками SCSI 15k в RAID 5, и результаты:

  disk | memory | qsize
-----------------------
6.3590 | 2.3280 | 15713
6.6250 | 2.3690 | 8914
6.0040 | 2.3260 | 225168
6.0210 | 2.4080 | 132388
6.1400 | 2.4050 | 264038

Значительное увеличение скорости памяти.

1 голос
/ 19 апреля 2009

Замечу, что вы сосредоточены на запросах, которые требуют относительно больших наборов данных для возврата. Интересно, какой эффект вы бы увидели с меньшими наборами данных? Многократное возвращение одной строки может потребовать от диска многократного поиска - время произвольного доступа к памяти может быть намного быстрее.

1 голос
/ 19 апреля 2009

Может быть, sqlite3 на самом деле не записывает ваши данные на диск из кеша? что может объяснить, почему цифры похожи.

Также возможно, что ваша ОС выполняет подкачку из-за недостатка памяти?

0 голосов
/ 21 октября 2011

numpy массивы медленнее, чем dict, tuple и другие последовательности объектов, пока вы не имеете дело с 5 миллионами или более объектами в последовательности. Вы можете значительно повысить скорость обработки огромных объемов данных, перебирая их и используя генераторы, чтобы избежать создания и воссоздания временных больших объектов.

numpy стал вашим ограничивающим фактором, поскольку он предназначен для обеспечения линейной производительности. Это не звезда с небольшими или даже большими объемами данных. Но производительность Numpy не превращается в кривую с ростом набора данных. Это остается прямой линией.

Кроме того, SQLite - это просто очень быстрая база данных. Быстрее, чем большинство серверных баз данных. Возникает вопрос, почему кто-то будет использовать базы данных NOSQL, когда легкая супербыстрая отказоустойчивая база данных, использующая SQL, уже давно и проверена во всем, от браузеров до мобильных телефонов, годами.

...