Ошибка объекта не найдена с ddply внутри функции - PullRequest
Новая
       20

Ошибка объекта не найдена с ddply внутри функции

40 голосов
/ 05 августа 2011

Это действительно поставило под сомнение мою способность отлаживать R-код.

Я хочу использовать ddply() для применения одних и тех же функций к различным столбцам с последовательным именем;например.а, б, в.Для этого я намерен многократно передавать имя столбца в виде строки и использовать eval(parse(text=ColName)), чтобы позволить функции ссылаться на него.Я взял эту технику из другого ответа.

И это хорошо работает, пока я не вставлю ddply() в другую функцию.Вот пример кода: 

# Required packages:
library(plyr)

myFunction <- function(x, y){
    NewColName = "a"
    z = ddply(x, y, summarize,
            Ave = mean(eval(parse(text=NewColName)), na.rm=TRUE)
    )
    return(z)
}

a = c(1,2,3,4)
b = c(0,0,1,1)
c = c(5,6,7,8)
df = data.frame(a,b,c)
sv = c("b")

#This works.
ColName = "a"
ddply(df, sv, summarize,
        Ave = mean(eval(parse(text=ColName)), na.rm=TRUE)
)

#This doesn't work
#Produces error: "Error in parse(text = NewColName) : object 'NewColName' not found"
myFunction(df,sv)

#Output in both cases should be
#  b Ave
#1 0 1.5
#2 1 3.5

Есть идеи?NewColName даже определено внутри функции!

Я думал, что ответ на этот вопрос, loop-to-create-new-variable-in-ddply , может помочь мне, но я сделалНа сегодня хватит головы, и пришло время поднять руку и попросить о помощи.

Ответы [ 5 ]

22 голосов
/ 27 июня 2013

Сегодняшнее решение этого вопроса - превратить summarize в here(summarize). например, 

myFunction <- function(x, y){
    NewColName = "a"
    z = ddply(x, y, here(summarize),
            Ave = mean(eval(parse(text=NewColName)), na.rm=TRUE)
    )
    return(z)
}

here(f), добавленный в plyr в декабре 2012 года, фиксирует текущий контекст.

14 голосов
/ 05 августа 2011

Вы можете сделать это с помощью комбинации do.call и call, чтобы создать вызов в среде, где NewColName все еще виден: 

myFunction <- function(x,y){
NewColName <- "a"
z <- do.call("ddply",list(x, y, summarize, Ave = call("mean",as.symbol(NewColName),na.rm=TRUE)))
return(z)
}

myFunction(d.f,sv)
  b Ave
1 0 1.5
2 1 3.5
9 голосов
/ 05 августа 2011

Иногда я сталкиваюсь с подобными проблемами, когда объединяю ddply с summarize или transform или чем-то еще и, будучи недостаточно умным, чтобы разбираться в тонкостях навигации по различным средам, я склонен обходить проблемупросто не использую summarize и вместо этого использую мою собственную анонимную функцию: 

myFunction <- function(x, y){
    NewColName <- "a"
    z <- ddply(x, y, .fun = function(xx,col){
                             c(Ave = mean(xx[,col],na.rm=TRUE))}, 
               NewColName)
    return(z)
}

myFunction(df,sv)

Очевидно, что делать это вручную стоит, но это часто позволяет избежать головной боли, связанной с проблемами оценки, которыепроисходят из объединения ddply и summarize.Это не значит, конечно, что Хэдли не появится с решением ...

4 голосов
/ 05 августа 2011

Проблема заключается в коде самого пакета plyr.В функции суммирования есть строка eval(substitute(...),.data,parent.frame()).Хорошо известно, что parent.frame () может делать довольно забавные и неожиданные вещи.T

Решение @James - очень хороший обходной путь, , но, если я правильно помню, сам @Hadley сказал ранее, что пакет plyr не предназначен для использования внутри функций. Извините, я ошибся здесь.Однако известно, что на данный момент пакет plyr создает проблемы в этих ситуациях.

Следовательно, я даю вам базовое решение проблемы: 

myFunction <- function(x, y){
    NewColName = "a"
    z = aggregate(x[NewColName],x[y],mean,na.rm=TRUE)
    return(z)
}
> myFunction(df,sv)
  b   a
1 0 1.5
2 1 3.5
3 голосов
/ 05 августа 2011

Похоже, у вас есть проблемы с окружающей средой.Глобальное назначение решает проблему, но ценой души: 

library(plyr)

a = c(1,2,3,4)
b = c(0,0,1,1)
c = c(5,6,7,8)
d.f = data.frame(a,b,c)
sv = c("b")

ColName = "a"
ddply(d.f, sv, summarize,
        Ave = mean(eval(parse(text=ColName)), na.rm=TRUE)
)

myFunction <- function(x, y){
    NewColName <<- "a"
    z = ddply(x, y, summarize,
            Ave = mean(eval(parse(text=NewColName)), na.rm=TRUE)
    )
    return(z)
}

myFunction(x=d.f,y=sv)

eval ищет в parent.frame (1).Поэтому, если вы вместо этого определите NewColName вне MyFunction, оно должно работать: 

rm(NewColName)
NewColName <- "a"
myFunction <- function(x, y){

    z = ddply(x, y, summarize,
            Ave = mean(eval(parse(text=NewColName)), na.rm=TRUE)
    )
    return(z)
}
myFunction(x=d.f,y=sv)

Используя get для извлечения my.parse из более ранней среды, мы можем приблизиться гораздо ближе, но все равно придется передать curenv какglobal: 

myFunction <- function(x, y){
    NewColName <- "a"
    my.parse <- parse(text=NewColName)
    print(my.parse)
    curenv <<- environment()
    print(curenv)

    z = ddply(x, y, summarize,
            Ave = mean( eval( get("my.parse" , envir=curenv ) ), na.rm=TRUE)
    )
    return(z)
}

> myFunction(x=d.f,y=sv)
expression(a)
<environment: 0x0275a9b4>
  b Ave
1 0 1.5
2 1 3.5

Я подозреваю, что ddply уже оценивает в .GlobalEnv, поэтому все стратегии parent.frame() и sys.frame(), которые я попробовал, потерпели неудачу.

...