hg add без аргументов добавит все файлы, которые явно не игнорируются.Вы также можете использовать hg commit --addremove, чтобы добавить все неизвестные файлы (и удалить все удаленные файлы, т.е. hg rm любой, который hg status указан как '!'), Чтобы сделать это автоматически при фиксации.