Внешний интерфейс не поддерживает какие-либо интерактивные приглашения в процессе командной строки ssh (или git). Поскольку я использовал PuTTY, я сделал следующее, чтобы фактически добавить эту подпись RSA в мой список одобренных хостов:
cd C:\Program Files (x86)\GitExtensions\PuTTY
plink -agent github.com
Когда появится интерактивное приглашение, введите 'y', чтобы добавить его в кэш. Теперь вы сможете клонировать репозитории из GitExtensions с помощью функции «Github».