Тематические строки - единственный универсальный способ, которого я боюсь. Посмотрите на GMail, вот как они это делают, и его можно одурачить, если темы будут одинаковыми.
Я думаю, что электронная почта, отправленная из Exchange, имеет какой-то идентификатор для потока, но он работает только внутри организации, в которой работает Exchange, и я подозреваю, что это ненадежно, если письма приходят извне.
Вы можете попытаться использовать нить, используя тему, и применить некоторые эвристические методы для разделения не связанных между собой элементов (например, электронные письма с совершенно разными получателями будут не связаны). Это не надежно, хотя.