EJB должны быть мелкозернистыми, чтобы не было проблем с тем, что вы делаете, если вы последовательны в своем дизайне.
EJB - это просто классы, поэтому не о чем беспокоиться, за исключением общей нагрузки, которая ортогональна числу развернутых EJB.
Если вы беспокоитесь о производительности, добавьте какой-нибудь мониторинг или другие показатели производительности и посмотрите, как идут дела с добавлением новых функций.
В конце концов, вы бы предпочли поддерживать меньше классов с множеством методов или множество классов с меньшим количеством методов? Я знаю, какой бы я выбрал.