Насколько я знаю, различие между JRE только для английского языка и интернационализированным касается только доступности специфичных для локали данных, используемых, например, для TimeZone, Calendar, NumberFormat, DateFormat, строк сообщений и тому подобного.
Это не должно влиять на кодировки символов, используемые для ваших файлов.