Я думаю, что вы должны использовать миграцию для этого.
Во-первых, вам необходимо восстановить начальное состояние (когда схема, модель и БД синхронизированы).Удалите форму изменений schema.yml, перестройте модель php symfony doctrine:build --all-classes
и импортируйте исходную базу данных.
После этого внесите изменения в schema.yml и выполните следующие команды:
php symfony doctrine:generate-migrations-diff
php symfony doctrine:migrate
php symfony doctrine:build --all-classes