Это тот же самый проект cc.net, который запускается ночью? Если нет, может быть разница в том, как они настроены. Если они совпадают, я бы предложил добавить некоторые записи в код настройки тестового устройства, чтобы увидеть, можете ли вы отследить проблему. Возможно, на сервере выполняется ночное задание (возможно, резервное копирование или проверка на вирусы), вызывающее проблему. Другой возможностью является выполнение задачи на другом сервере (например, перевод базы данных в автономный режим). Я не верю, что это ошибка в NUnit.