Странная ошибка иерархической кластеризации в R - PullRequest
Новая
       11

Странная ошибка иерархической кластеризации в R

6 голосов
/ 27 февраля 2012

Моя R-программа выглядит следующим образом: 

hcluster <- function(dmatrix) {
    imatrix <- NULL
    hc <- hclust(dist(dmatrix), method="average")
    for(h in sort(unique(hc$height))) {
        hc.index <- c(h,as.vector(cutree(hc,h=h)))
        imatrix <- cbind(imatrix, hc.index)
    }
    return(imatrix)
}

dmatrix_file = commandArgs(trailingOnly = TRUE)[1]
print(paste('Reading distance matrix from', dmatrix_file))
dmatrix <- as.matrix(read.csv(dmatrix_file,header=FALSE))

imatrix <- hcluster(dmatrix)
imatrix_file = paste("results",dmatrix_file,sep="-")
print(paste('Wrinting results to', imatrix_file))
write.table(imatrix, file=imatrix_file, sep=",", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=FALSE)
print('done!')

Мой вход - матрица расстояний (конечно, симметричная).Когда я выполняю вышеупомянутую программу с матрицей расстояний, превышающей примерно тысячи записей (ничего не происходит в течение нескольких сотен), она выдает мне сообщение об ошибке: 

Error in cutree(hc, h = h) : 
  the 'height' component of 'tree' is not sorted
(increasingly); consider applying as.hclust() first
Calls: hcluster -> as.vector -> cutree
Execution halted

Моя машина имеет около 16 ГБ ОЗУ и 4CPU, поэтомуне будет проблемой ресурсов.

Может кто-нибудь, пожалуйста, дайте мне знать, в чем проблема?Спасибо !!

Ответы [ 2 ]

6 голосов
/ 04 апреля 2012

Я не большой волшебник R. Но я столкнулся именно с этой проблемой.

Потенциальный ответ описан здесь:

https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2008-May/163409.html

1 голос
/ 18 декабря 2012

Глядя на функцию cutree здесь http://code.ohloh.net/file?fid=QM4q0tWQlv2VywAoSr2MfgcNjnA&cid=ki3UJjFJ8jA&s=cutree%20component%20of%20is%20not%20sorted&mp=1&ml=1&me=1&md=1&browser=Default#L1

Вы можете попытаться добавить k-шкалу для количества групп, это переопределит аргумент высоты.Если нет, вы можете посмотреть, что такое hc $ height, потому что, если это не числовой, сложный, символьный или логический вектор, is.unsorted вернет true и выдаст вам эту ошибку. 

if(is.null(k)) {
    if(is.unsorted(tree$height))
        stop("the 'height' component of 'tree' is not sorted (increasingly)")
    ## h |--> k
    ## S+6 help(cutree) says k(h) = k(h+), but does k(h-) [continuity]
    ## h < min() should give k = n;
    k <- n+1L - apply(outer(c(tree$height,Inf), h, ">"), 2, which.max)
    if(getOption("verbose")) message("cutree(): k(h) = ", k, domain = NA)
}
...