Кластеризация переменных в R и использование памяти

Question

Я пытаюсь вычислить кластеры некоторых переменных в R с помощью библиотеки кластеров.Код выглядит следующим образом:

d2 <- dist(ant, method = "euclidian")

Проблема в том, что показывает это сообщение:

Error: cannot allocate vector of size 123.5 Gb

Невозможно иметь такой объем памяти.Мой фрейм данных содержит более 180000 строк и 12 столбцов.Любое предложение?

Answer 1

1. Выберите подход, для которого не требуется матрица парных расстояний , которая всегда требует O (n²) памяти ... Таких алгоритмов существует несколько.

2. Сначала упростите ваши данные.Например, объедините дубликаты в веса и используйте алгоритм / реализацию, которая поддерживает взвешенные точки.

3. Подвыборка.Если у вас есть столько очков, вам, вероятно, не нужны все из них.Вместо этого работайте с подвыборкой.