Получить K из ClusGap при кластеризации в R - PullRequest
Новая
       39

Получить K из ClusGap при кластеризации в R

0 голосов
/ 14 апреля 2019

Я хочу использовать clustergap, чтобы оценить количество кластеров, необходимых для данного набора данных. Проблема в том, что я не могу получить значение k из clustergap, хотя эта библиотека рекомендуется для статистики разрыва.

Ниже показано, как я использую clustergap: 

hcluster = clusGap(dataMatrix,  FUN = hcut, nstart = 25, K.max = 100, B = 50)
kcluster = clusGap(dataMatrix, kmeans, K.max=100, B=50)

Ниже приведен вывод clustergaps, и я вижу, что рекомендуемое количество кластеров равно 11, но я не могу получить доступ к этому номеру динамически. 

Clustering Gap statistic ["clusGap"] from call:
clusGap(x = dataMatrix, FUNcluster = hcut, K.max = 100, B = 50,     nstart = 25)
B=50 simulated reference sets, k = 1..100; spaceH0="scaledPCA"
 --> Number of clusters (method 'firstSEmax', SE.factor=1): 11
           logW    E.logW      gap      SE.sim
  [1,] 8.995981 10.000102 1.004121 0.004184801
  [2,] 8.694404  9.716407 1.022003 0.017857009
  [3,] 8.538334  9.616808 1.078473 0.008792356
  [4,] 8.466726  9.574631 1.107905 0.005905742
  [5,] 8.363253  9.550745 1.187492 0.004978537
  [6,] 8.303085  9.531952 1.228867 0.004084501
  [7,] 8.270890  9.516404 1.245514 0.004118244
  [8,] 8.241259  9.502743 1.261484 0.004018474
  [9,] 8.220926  9.490543 1.269617 0.003874152

Любая помощь будет высоко ценится.

1 Ответ

0 голосов
/ 14 апреля 2019

Если кто-нибудь сталкивался с этим, вот как я это сделал: 

hcluster = clusGap(dataMatrix,  FUN = hcut, nstart = 25, K.max = 100, B = 50)    
k <- maxSE(hcluster$Tab[, "gap"], hcluster$Tab[, "SE.sim"], method="Tibs2001SEmax")
...