Это полностью зависит от вас. Вы хотите, чтобы элементы работали синхронно друг с другом или нет? Или это не имеет значения?
Если это не имеет значения или если вам нужно их синхронизировать, держите их все в одном цикле с одним таймером. Это, вероятно, быстрее в каждом браузере, и будет легче отлаживать, поддерживать и понимать код.
Если их не нужно синхронизировать, то, конечно, у вас должно быть два таймера! Кроме того, если вы чувствуете, что в будущем может хотеть, чтобы разные детали работали с явно разными или изменяющимися скоростями, то вы можете рассмотреть два таймера.