Я понял, что моя строка формата оси Y маскировала тот факт, что линии сетки не имели целочисленных значений.
yaxis: { min: 0, tickOptions: { formatString: "%d" } }
В этой теме рассказывается о том, чего я пытался достичь, и о проблеме, которую я непреднамеренно вызвал.
