Вам нужно использовать параметр Windows для установки, а не параметр консоли.
setup(
# windows = [RPMApp],
console = [RPMApp, DBMigrate],
zipfile = 'common.bin',
options = options,
data_files = files,
cmdclass = {'py2exe': FileCollector}
)
Здесь у меня фактически включена консоль для отладки, но я раскомментирую параметр windows, когда закончу сборку для развертывания.