Чтобы анимировать VertexPositionColor [], все, что вам действительно нужно сделать, это соответствующим образом изменить элементы массива и затем использовать новые значения в вызове DrawUserPrimitives ().
Например, в методе обновления вашей игры:
for ( int index = 0; index < vertices.Length; ++index )
{
vertices[ index ].Color *= (float)System.Math.Sin( gameTime.ElapsedGameTime.Seconds / 60 );
}