Вы можете контролировать, как ресурс обрабатывается, просматривая свойства файла в Visual Studio. Есть свойство «Копировать в выходной каталог», которое будет отправлять его в папку «bin» при публикации. Есть еще одно свойство «Build Action», которое вы можете установить для компиляции, ресурса, встроенного ресурса и т. Д. Проверьте эти два свойства для файла, который развертывается правильно, и вы должны быть в порядке.