Вы должны выполнить команду объяснения и анализа, чтобы лучше понять, какие части запроса наиболее дорогие, и индексировать или оптимизировать эти поля.
например:
explain analyze SELECT * FROM user WHERE city LIKE 'S' AND gender = N AND flg_pic = N AND flg_hidden = N AND flg_ban = N AND id_user != N ORDER BY id_user DESC LIMIT N,N
и вы должны отдать приоритет тем медленным запросам, которые выполняются наиболее часто и наиболее медленно