Некоторое время назад я взглянул на HTK, но, похоже, он не был в хорошем состоянии и слишком ориентирован на распознавание речи. Другая библиотека, на которую я бы порекомендовал вам посмотреть, - это http://ghmm.org/, которая содержит привязки к Python, EM-учащийся и даже графический редактор и некоторую документацию. ; -)