Остерегайтесь вышеупомянутого slowquerylog в MySQL. Его следует использовать только при попытке выяснить, почему некоторые запросы выполняются медленно. У него есть побочный эффект замедления ВСЕХ ваших запросов, пока он включен. : P Он предназначен для отладки, а не регистрации.
Подумайте «пассивный мониторинг», когда это возможно. Например, перехватывайте сетевой трафик, а не отслеживайте его с вашего сервера - попросите другую машину наблюдать, как пакеты летают туда-сюда, и записывать статистику о них.
(Кстати, это один из моих любимых - если вы смотрите, как устанавливаются соединения, и замечаете, когда они заканчиваются, вы можете найти много данных о медленных запросах или о чем-то медленном, без нагрузки на сервер заботиться о.)