Похоже, у вас есть и исходный код, и ваши двоичные файлы, добавленные в хранилище.Один из вариантов - создать второй репозиторий только для «опубликованного / скомпилированного» кода и удалить все, что скомпилировано из первого репозитория.Используйте новый репозиторий для развертывания обновленного кода на вашем сервере.Это должно происходить с меньшей папкой .hg на сервере.
В любом случае, вы не можете «удалить» историю, не потеряв ее с DVCS.У вас есть возможность полностью удалить папку .hg, но если вы хотите использовать Mercurial для обновления этой папки и синхронизации данных с последними изменениями в репозитории, вам нужно будет держать эту папку рядом.*