Я наконец-то получил это рабочее решение, я поставил его здесь для всех, кто заинтересован.
1 - Извлечение «original.apk» (source.apk) во временную папку (т. Е. TempFolder)
2 - Поместить созданные пользователем файлы в папки «assets» и «res \ drawable» в TempFolder
3 - создайте AndroidManifest.xml и поместите в TempFolder
4- Запустите эту команду:
aapt package -f -M "PathToManifest" -S "PathToResFolder" -I android.jar -F "NearlyFinal.apk" -A "PathToAssetsFolder"
5 - скопировать "classes.dex" в папку, где существует NearlyFinal.apk.
6 - запустите эту команду:
aapt add -f NearlyFinal.apk classes.dex jad.properties
7- подписать файл apk:
jarsigner -storepass [keystorePass] -keystore KeyStoreFile.key NearlyFinal.apk [KeyStoreName]
8- файл zipalign apk:
zipalign 4 NearlyFinal.apk "Final.apk"
9 - переименуйте и переместите Final.apk в соответствии с предпочтениями пользователя.
FINISH