Это несколько неизбежно в старых версиях Windows.Процессам, чьи окна перекрываются, требуется время для обновления той части окна, которая была открыта при перемещении окна.Убедитесь, что ваша программа не загружает 100% ядро с помощью taskmgr.exe, это сделает ее более заметной.
Для реального решения этой проблемы требуется Aero, доступный в Vista и более поздних версиях.