Я нашел решение, прежде чем задать вопрос, я пытался найти решение, и я не мог понять, как это сделать. И одна мысль пришла мне в голову, это было так просто :).
Итак, мой код такой:
final String originalExcel = "D:\\work\\excel\\original.xls";
String pathname = "D:\\work\\excel\\generated\\custom1.xls";
File original = new File(originalExcel);
File file = new File(pathname);
FileUtils.copyFile(original, file);//I copied from my template before before changing it
FileInputStream stream = new FileInputStream(file);
final HSSFWorkbook wb = new HSSFWorkbook(stream);
final HSSFSheet sheet = wb.getSheetAt(1); // so, here I can change my custom excel file.