Папка /sites/all/files и ее дочерние элементы также должны быть доступны для записи на веб-сервере, проверьте разрешения для них.
Если у вас включены какие-либо параметры производительности, возможно, вы не получаете файлы JS, потому что система попыталась сгенерировать статические версии в папке files и не удалось.