Нет, вам не нужна корневая папка ~/Controllers. Вы совершенно безопасно удалить его. Вы также можете удалить соответствующую папку просмотра курса ~/Views/Home. Будьте осторожны с ~/Views/Shared, так как он может содержать некоторые макеты, используемые вашей областью. Но, конечно, это также можно переместить в соответствующую область и полностью избавиться от нее в корневой папке.