Ответ был, если постоянный тип хранилища установлен в NSInMemoryStoreType. Ваш NSValueTransformer, который вы настроили в Базовых данных, не будет выполнен.
Надеюсь, это кому-нибудь поможет. Если вы найдете это в любом документе или у вас есть ответ, почему это так, пожалуйста, опубликуйте его здесь.