Так вы пишете в файл, просто замените вывод тем, что вы хотите в файле.Как уже упоминал другой человек, вы можете просто передать его в файл.
FILE *ofp;
char outputFilename[] = "out.txt";
ofp = fopen(outputFilename, "w");
if (ofp == NULL) {
fprintf(stderr, "Can't open output file %s!\n",
outputFilename);
exit(1);
}
fprintf(ofp, "ls");
fclose(ofp);