Вы загружаете перо, скорее всего, с помощью NSBundle, а затем вызываете makeKeyAndVisible
в окне в кончике. Лучший способ получить окно - использовать розетку в объекте, загружающем перо.
[[NSBundle mainBundle] loadNibNamed:@"SecondWindow" owner:self options:nil];
[self.secondWindow makeKeyAndVisible]; //assuming the window was connected to a property named secondWindow