Не изобретай велосипед. GMP имеет отличную высокопроизводительную реализацию этого алгоритма, и любой алгоритм, написанный на чистом Python, будет как минимум в 100 раз медленнее, просто потому, что Python является интерпретируемым языком. Используйте gmpy , чтобы вызвать GMP из вашего приложения Python. Мне также любопытно, в каком приложении вы работаете, для которого требуется умножение таких больших чисел - возможно, существует более простой способ решения вашей проблемы.
Кроме того, как уже упоминалось в других ответах, «длина в несколько тысяч раз» недостаточно длинна, чтобы оправдать Шенхаге-Штрассен (вам нужно было бы не менее 10000 десятичных знаков, возможно, больше). Некоторые варианты Toom-Cook, такие как Toom-3, обычно используются в этом диапазоне. Опять же, не пишите это самостоятельно на Python - реализация GMP очень тщательно оптимизирована.