Нашел эту страницу, пока гуглил ту же проблему.Решение:
Скажите distutils, что ваш пакет не является zip_safe (и это нормально), например:
setup (name = 'yourmodule',
...
zip_safe = False,
...
)
Таким образом, easy_install не будет анализировать ваш модуль и не будетпожаловаться на __ файл __ ссылки.