Не уверен, что проблема в вашем случае, но этот фрагмент
Properties props = new Properties();
props.load(new FileInputStream("filename.txt"));
System.out.println(props);
Печатает
{prop3=val3, prop2=val2\, prop1=val1}
Если filename.txt
содержит
prop1=val1
prop2=val2\\
prop3=val3
Обратите внимание, что один (или фактически нечетное число) \
в конце строки свойства будет экранировать символ новой строки, и все будет испорчено.