EmacsWiki (в http://www.emacswiki.org/emacs/FlyMake) есть рекомендация создать файл flymake.mk и включить его в каждый Makefile, если вы используете Automake, но это выглядит не очень ... Automake-y, и я предполагаю, что наличие стандартного макроса m4 для этого было бы лучшим решением. Мне было интересно, видел ли кто-нибудь такого зверя в дикой природе, прежде чем я уйду и попробую сам его собрать.