Вы также можете отключить process-query-on-exit-flag
по совету:
(defadvice flymake-start-syntax-check-process (after
cheeso-advice-flymake-start-syntax-check-1
(cmd args dir)
activate compile)
;; set flag to allow exit without query on any
;;active flymake processes
(set-process-query-on-exit-flag ad-return-value nil))
Это имеет тот же эффект, что и вышеприведенный патч, но не требует изменения flymake.el.