Звучит так, будто вы забыли проверить удаление.В Eclipse переключитесь на ветку объектов и откройте представление Git Staging, чтобы увидеть изменения, которые еще ожидают.При удалении файла автоматически получается staged , но не commit .
Необходимая последовательность
Delete - commit - push - checkout other branch - merge - commit- толчок