Я обновляю свой файл Nuget.targets таким образом, и следующая сборка установила мои пакеты в каталог "libs"
<PackagesDir>$([System.IO.Path]::Combine($(SolutionDir), "libs"))</PackagesDir>
, но ссылки не обновляются.
Ссылки являютсяисправлено при первой установке.Затем вам нужно переустановить ваши пакеты (удалить, а затем переустановить), он будет использовать файл nuget.config.
Затем для дальнейших сборок будут использоваться NuGet.targets.
Не очень интуитивно понятно, но у меня работает, надеюсь, поможет.