Невозможно запретить Reflector открывать сборки .Net, но вы делаете это бессмысленным, запутывая свои сборки. После запутывания класс / метод / поля переименовываются, строковые строки в методах шифруются, вызовы методов скрываются, поток управления методами шифруется и так далее. Таким образом, любой, кто использует Reflector, увидит много мусора и не сможет осмыслить большую его часть.
ОТКАЗ ОТ ОТВЕТСТВЕННОСТИ: я работаю на LogicNP Software, разработчики Crypto Obfuscator