Попробуйте параметр imshow
origin=lower
. По умолчанию он устанавливает (0,0) элемент массива в верхнем левом углу.
Например:
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
x = [1,2,3,4,5,5]
y = [1,2,3,4,5,5]
heatmap, xedges, yedges = np.histogram2d(x, y, bins=10)
extent = [xedges[0], xedges[-1], yedges[0], yedges[-1]]
fig = plt.figure()
ax1 = fig.add_subplot(211)
ax1.imshow(heatmap, extent = extent)
ax1.set_title("imshow Default");
ax2 = fig.add_subplot(212)
ax2.imshow(heatmap, extent = extent,origin='lower')
ax2.set_title("imshow origin='lower'");
fig.savefig('heatmap.png')
Производит: