Eclipse - это, безусловно, IDE без бюджета, NetBeans также бесплатен. Я предпочитаю IDEA от Intellij, но для чего-то, что звучит как такая боковая часть вашего проекта, это, вероятно, не стоит денег.
С точки зрения сервлетов и т. Д., Это действительно зависит от того, какую архитектуру / масштабируемость вы ищете.
Если вы ищете что-то, что должно работать в качестве небольшого веб-интерфейса, то что-то вроде Jetty или Tomcat с базовым сервлетом должно подойти.
Возможно, вы просматриваете что-то, вызываемое через командную строку, хотя запуск JVM для каждого преобразования будет слишком тяжелым для всех, кроме самых тривиальных способов использования, но маленькая программа, которая отслеживает каталог и извлекает из него информацию для преобразования может быть то, что вам нужно.
Если вы дадите более подробную информацию об архетектуре и о том, как вы планируете ее использовать, вы можете получить более конкретный совет.
В целом .NET и Java-разработки очень похожи (в конце концов .NET был создан, чтобы напрямую конкурировать с Java), но реальное практическое отличие заключается в том, что большая часть среды .NET предоставляется вам на Серебряное блюдо. Вам нужен веб-контейнер, у вас есть IIS, вам нужна база данных, у вас есть MS-SQL, вам нужна IDE, у вас есть Visual Studio и т. Д., И т. Д. В разработке на Java все эти варианты должны быть сделаны. это действительно хороший выбор по умолчанию для многих вещей - есть много конкурентов. Это может создать большую кривую для магазина Microsoft, чем вы ожидаете.