Это действительно зависит от того, насколько сложна ваша структура данных.
На мой взгляд:
- Если хранимые данные очень просты (например, одна текстовая строка или guid), вы можете использовать SPWeb.Properties.
- Если это возможно сделать со списками без головной боли. Используйте список.
- Если вам нужны сложные отношения, используйте свою собственную базу данных.
Любой прямой доступ к базе данных SharePoint не сортируется и считается плохой практикой. Даже если это очень маловероятно, обновление SharePoint может удалить ваши таблицы. Так что содержите db в чистоте и разместите ваши таблицы в другом месте.