Я редко помещаю вещи в GAC. Я в большинстве случаев помещаю все библиотеки DLL в папку приложения.
Помните, что .Net пытается найти DLL в GAC, прежде чем в папке приложения. Это означает, что ваше приложение не будет использовать версию в папке вашего приложения, если в GAC существует более новая версия DLL.