Вы хотите использовать цвет фона по умолчанию, установленный в самом iTerm2. Проблема в том, что у вас также есть emacs, устанавливающий цвет фона по умолчанию (который переопределяет по умолчанию iTerm)!
Если вы удалите команду, изменяющую цвет фона, она должна вернуться к настройке iTerm2 по умолчанию.
Скорее всего, в вашем .emacs есть что-то вроде следующего:
(custom-set-faces '(default ((t (:background "blue"))) t))
Чтобы использовать цвет фона Терминала по умолчанию, вообще не устанавливайте атрибут ": background". Обратите внимание, что установка черного цвета НЕ всегда будет работать правильно (хотя в вашем случае это, вероятно, будет)!
Я использую gnome-терминал с прозрачностью, и установка по умолчанию ": background: black" сделала окно полностью непрозрачным. Мне пришлось удалить параметр ": background", чтобы вернуть прозрачность.
Вы все еще можете установить атрибут ": foreground" по умолчанию, и он будет работать; просто не устанавливайте ": background" (вы поняли это? может быть, я должен повторить это снова. :)), поэтому вы сохраняете свой Terminal фон по умолчанию!