a = [ 1 1 2 2 2 3 3 3 4 4 4 4 5 5 5 5 6 6 6 ];
[c, ia] = unique(a, 'first');
t = a;
t(ia) = 0;
filtered_vect = a - t;
edit: что более кратко, уничтожив исходный вектор:
a = [ 1 1 2 2 2 3 3 3 4 4 4 4 5 5 5 5 6 6 6 ];
[c, ia] = unique(a, 'first');
a(~ismember(1:length(a),ia)) = 0;