Приложение должно быть установлено таким образом?
Нет.
Пока питон может его найти (т.е. он находится на PYTHONPATH), вы можете поместить его в любое удобное вам место.
Почему бы не поместить папку «django-registration» в наш проект как приложение?
Почему бы и нет?Если вы планируете существенно изменить его, возможно, это вполне разумно.Если вы этого не сделаете, то, если оставить его отдельно, будет ясно, какой у вас код, а какой нет;и облегчить обновления либо.