С помощью Блокнота ++ вы можете использовать поиск и замену по регулярному выражению.
Перейдите в «Заменить», выберите «Регулярное выражение» в поле «Режим поиска» и введите следующее выражение поиска:
\r\n \r\n
Это означает: перевод строки, пробел, перевод строки.
Заменить ничем. Это должно сработать!